上海
撰文丨亦
彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤（DLBCL）是成人中最常見的惡性B細(xì)胞淋巴瘤，具有極高的臨床和分子異質(zhì)性。長期以來，臨床上主要依賴基因表達(dá)譜區(qū)分的細(xì)胞來源（COO）分型，將DLBCL劃分為生發(fā)中心B細(xì)胞樣（GCB）和活化B細(xì)胞樣（ABC）兩大主流亞型【1】。隨著基因組測序技術(shù)的發(fā)展，科學(xué)家們進(jìn)一步建立了包含MCD、EZB等7個主要遺傳亞型的分類體系，從基因組學(xué)改變的角度闡明了其分子機(jī)理【2-3】。然而，近年的多組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)表達(dá)水平之間的總體相關(guān)性普遍較低，這意味著大量轉(zhuǎn)錄后修飾和翻譯調(diào)控機(jī)制在腫瘤的病理生理中起到了至關(guān)重要的作用，而這恰恰是傳統(tǒng)純轉(zhuǎn)錄組或基因組研究的盲區(qū)。
分子層面的異質(zhì)性直接導(dǎo)致了臨床診斷和治療的巨大困境。即便在相同的遺傳亞型內(nèi)部，依然存在平行起作用的多條致癌通路，且目前仍有10%至15%的病例通過單純的基因表達(dá)譜無法歸類。更為嚴(yán)峻的是，約有30%至40%的患者在接受一線標(biāo)準(zhǔn)的R-CHOP化學(xué)免疫治療后會出現(xiàn)復(fù)發(fā)或耐藥，而現(xiàn)有的基因組學(xué)特征根本無法對此類不良臨床結(jié)局進(jìn)行精準(zhǔn)預(yù)測【4】。臨床上迫切需要一種能夠融合腫瘤細(xì)胞自身蛋白改變、活化癌基因通路以及腫瘤微環(huán)境特征的全新多組學(xué)診斷框架與治療策略，以打破現(xiàn)有的分子分級器多停留于回顧性分析、難以指導(dǎo)常規(guī)臨床護(hù)理的局限性。
針對這一痛點(diǎn)，法蘭克福癌癥研究所Thomas Oellerich和Florian Buettner團(tuán)隊(duì)合作，共同在Cancer Cell上發(fā)表了題為Pathogenesis of diffuse large B cell lymphomaproteogenotypes的文章。通過整合478例DLBCL腫瘤的蛋白質(zhì)組、轉(zhuǎn)錄組和基因組數(shù)據(jù)，成功發(fā)現(xiàn)了7個跨越傳統(tǒng)分子邊界的蛋白質(zhì)基因型（Proteogenotypes, PGs），其中包含一個占新發(fā)病例約20%的“隱形超高危”亞型——Proteogenotype 4（PG4）。該高危亞型不僅成功預(yù)測了一線R-CHOP治療失敗或早期進(jìn)展的超高?；颊撸鼜牟±頇C(jī)制上闡明了在沒有常規(guī)MYC基因易位的情況下腫瘤細(xì)胞如何維持高水平MYC轉(zhuǎn)錄活性的機(jī)制，并首次繪制了該亞型獨(dú)特的免疫抑制與耗竭型腫瘤微環(huán)境圖譜。
首先，團(tuán)隊(duì)收集了332例真實(shí)世界未經(jīng)治療的FFPE腫瘤活檢樣本作為發(fā)現(xiàn)隊(duì)列，并匹配了146例獨(dú)立的多組學(xué)驗(yàn)證隊(duì)列，采用TMT標(biāo)記定量質(zhì)譜測定了多達(dá)6,980種蛋白質(zhì)，填補(bǔ)了同行研究重度依賴DNA或RNA測序而忽視蛋白質(zhì)水平翻譯調(diào)控的科研斷層。研究證實(shí)，核糖體活性和翻譯機(jī)器的異常富集僅僅能在蛋白質(zhì)組層面上被敏銳捕獲，在轉(zhuǎn)錄組層面幾乎不可見，這是純RNA研究所無法企及的。此外，在算法集成上，團(tuán)隊(duì)利用多視圖隱變量建模和圖論共識聚類確立了7種PGs，并利用XGBoost訓(xùn)練了高精度的分類器模型。
在微觀和原位水平上，團(tuán)隊(duì)對驗(yàn)證隊(duì)列中的43例患者進(jìn)行了單細(xì)胞RNA表達(dá)與染色質(zhì)可及性（scATAC-seq）聯(lián)合測序，在多達(dá)197,860個單細(xì)胞的克隆水平上精細(xì)刻畫了PG4的內(nèi)在特征。同時，利用CosMx空間轉(zhuǎn)錄組平臺對82例DLBCL病例的細(xì)胞生態(tài)位（Cellular Niches, CNs）進(jìn)行分析，原位確證了PG4高表達(dá)MYC及T細(xì)胞耗竭的局部微環(huán)境特征。最后，研究通過體內(nèi)外功能機(jī)制驗(yàn)證，完美形成了全鏈條閉環(huán)：體外通過在人類GCB細(xì)胞系（SUDHL-4）中構(gòu)建Btg1Q36H 突變體，證明突變會直接上調(diào) MYC 活性和 PG4 核心特征。而后用MYC/MAX抑制劑（10058-F4）處理，發(fā)現(xiàn)僅在 PG4 樣細(xì)胞系中選擇性下調(diào)了 PG4 核心蛋白特征，從而證明其對 MYC 的功能依賴性。體內(nèi)則采用工程小鼠模型成功復(fù)現(xiàn)了小鼠淋巴瘤加速進(jìn)展、高M(jìn)YC/PG4核心特征及T細(xì)胞浸潤減少、耗竭的PG4臨床病理表型。
臨床生存分析顯示，在接受R-CHOP治療的患者中，PG4組的整體生存率（OS）和無進(jìn)展生存率（PFS）顯著差于其他亞型，對應(yīng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異極高。多元Cox回歸分析也進(jìn)一步證實(shí)，PG4是一個獨(dú)立于國際預(yù)后指數(shù)（IPI評分）、COO狀態(tài)等已公認(rèn)的風(fēng)險因素的獨(dú)立高危危險因素。更具有臨床警示意義的是，數(shù)據(jù)表明PG4患者具有極高的早期治療失敗率，在發(fā)現(xiàn)隊(duì)列、NCI隊(duì)列和BCC隊(duì)列三個獨(dú)立隊(duì)列中，PG4患者在治療前12個月內(nèi)發(fā)生疾病進(jìn)展或死亡（PFS事件）的頻率極其顯著地高于非PG4患者。
PG4展現(xiàn)出了跨越傳統(tǒng)分型但功能高度收斂的奇特特征。它占所有新診斷案例的約20%（ABC型中42.3%、GCB型中8.5%、未分類17.3%），雖然這些患者在傳統(tǒng)分型下大相徑庭，但在基因?qū)用嫔纤鼈児餐叨雀患薆TG1和TBL1XR1突變，并且在轉(zhuǎn)錄與蛋白水均一致展現(xiàn)出惡性程度高、增殖快的生發(fā)中心暗區(qū)（Dark Zone）B細(xì)胞表型。單細(xì)胞測序與空間轉(zhuǎn)錄組的聯(lián)合分析進(jìn)一步坐實(shí)了其細(xì)胞內(nèi)在程序的異常：無論是否存在傳統(tǒng)的MYC基因易位，PG4分別通過在GCB-PG4和ABC-PG4中激活TCF3和TCF4的轉(zhuǎn)錄活性，來驅(qū)動其特異性的細(xì)胞內(nèi)在程序，并且特異性地在蛋白質(zhì)層面上調(diào)了核糖體大亞基生物合成和翻譯機(jī)器相關(guān)蛋白的表達(dá)。此外，免疫多重?zé)晒夂投嘟M學(xué)分析揭示了PG4腫瘤明顯的“免疫冷腫瘤”特征，其組織內(nèi)部的 CD3+ T細(xì)胞數(shù)量顯著減少，且殘存的極少數(shù)T細(xì)胞處于高度耗竭狀態(tài)，展現(xiàn)出極高比例的 PD-1+ TIM-3+表型。
綜上，本研究構(gòu)建了首個針對DLBCL的集成化蛋白質(zhì)基因組學(xué)計(jì)算框架，打破了此前單純依賴基因組學(xué)分類的思維定勢。并在線發(fā)布了公開可用的轉(zhuǎn)錄組分類器診斷工具（dlbcl-pg-classifier.uni-frankfurt.de），便于同行和未來的試驗(yàn)快速對患者進(jìn)行PG分型。還為難治性患者的臨床決策提供精準(zhǔn)指導(dǎo)：1）警惕常規(guī)療法的免疫耐藥；2）提示潛在的高效聯(lián)合治療方案。
https://doi.org/10.1016/j.ccell.2026.05.008
制版人： 十一
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