乾隆四十六年正月，甘肅伊斯蘭教新教首領(lǐng)蘇四十三與韓二個率領(lǐng)千余名信眾，襲擊了老教聚居的村莊，雙方展開大規(guī)模械斗。老教掌教韓三十八當(dāng)場身亡，其子赴蘭州總督衙門告狀，堅稱新教聚眾謀反、殺害良民。勒爾謹(jǐn)接報后，認(rèn)定這只是尋常教派仇殺，便指派蘭州知府楊士璣牽頭查辦，又令河州副將新柱領(lǐng)兵先行趕赴循化彈壓，打算用武力威懾快速了結(jié)此事。

三月十八日，新柱率部抵達(dá)循化白莊，新教教眾提前探得了消息，便想出了試探官府態(tài)度的辦法。 他們裝扮成老教信徒，跪在道路兩旁迎接官軍，口中連聲致謝，稱頌官府為老教做主。新柱不知有詐，又急于立威，當(dāng)眾便放出狠話：“本官奉總督之命前來查辦，定要為老教做主，將新教匪類盡數(shù)洗滅。”

當(dāng)天夜里，蘇四十三便召集了一千多名新教教眾，趁夜突襲白莊衙署。隨行兵丁毫無防備，很快被擊潰，新柱與隨行都司劉漢時當(dāng)場被殺。

首戰(zhàn)告捷后，蘇四十三沒有絲毫停頓。他帶著人馬連夜趕往下一站起臺堡，那里正是蘭州知府楊士璣的駐地。次日拂曉，起義軍攻破堡寨，將楊士璣、守備徐前彥登、土司韓成玉等一眾官吏全部處死。

一日之內(nèi)，朝廷兩名大員命喪循化，事情的性質(zhì)已經(jīng)完全變了。蘇四十三清楚，殺官等同于謀反，再無回頭路可走，索性豎起大旗，正式舉事。

三月二十一日，蘇四十三率領(lǐng)兩千余人向河州城進(jìn)發(fā)。隊伍沿途不斷有新教教眾加入，甚至還有不少漢民、藏民也投身其中，聲勢越來越大。

河州守軍兵力單薄，根本抵擋不住起義軍的攻勢，沒過多久城池便告破，署理知州周植自縊身亡，都司李琦、千總朱為奇等官員悉數(shù)被殺。

起義軍進(jìn)城后，打開監(jiān)獄釋放了所有在押犯人，又補(bǔ)充了糧草兵器，士氣大振。值得一提的是，此戰(zhàn)中新教二號首領(lǐng)韓二個不幸中炮身亡，這也給起義軍的指揮層帶來了不小的損失。

河州失守，勒爾謹(jǐn)判斷起義軍會沿洮河?xùn)|進(jìn)，攻打狄道、鞏昌，于是急調(diào)各鎮(zhèn)兵馬趕赴狄道布防，自己也親自坐鎮(zhèn)狄道指揮。可他完全誤判了蘇四十三的進(jìn)軍方向——不是狄道，而是防守空虛的甘肅省城蘭州。

原來就在事變發(fā)生后，甘肅布政使王廷贊便盯上了新教的精神核心馬明心。此時馬明心正在安定縣關(guān)川隱居傳教，王廷贊當(dāng)即密令安定知縣黃道熛，以商議事務(wù)為名，將馬明心及其子婿一并誘捕，連夜押解到蘭州監(jiān)禁。

蘇四十三攻下河州后，得知教主被關(guān)押在蘭州的消息，當(dāng)即改變行軍路線，決意攻打蘭州營救馬明心。他探聽到蘭州主力都被調(diào)往狄道，省城守備空虛，便率領(lǐng)三千人馬取道東鄉(xiāng)，沿小路直奔蘭州。

三月二十四日，起義軍抵達(dá)洮河岸邊，渡河的船只早已被官府下令銷毀。好在沿岸洪濟(jì)橋、唐家川一帶的新教教眾早有準(zhǔn)備，他們扎起數(shù)十只羊皮筏子，在湍急的河面上往返擺渡，只用了一天時間，三千人馬便全部安全渡過洮河。隨后起義軍晝夜兼程，一天一夜急行軍三百多里，于三月二十五日突然出現(xiàn)在蘭州西關(guān)外。

蘭州城內(nèi)守軍不足千人，面對突如其來的起義軍頓時亂作一團(tuán)。外城很快被攻破，起義軍順勢奪取了黃河浮橋，控制了金城關(guān)，切斷了蘭州通往河西、西寧的援軍通道。

王廷贊一面組織兵丁、民壯死守內(nèi)城，一面連發(fā)八百里加急向朝廷求援，同時飛檄狄道的勒爾謹(jǐn)回師救援。第二天，從各地趕來的清軍援兵陸續(xù)抵達(dá)蘭州城下，總兵力很快達(dá)到一萬余人。

三月二十七日，蘇四十三率軍從西關(guān)發(fā)起總攻，起義軍掘洞攻城、架梯登城，戰(zhàn)斗打得異常激烈，多次攻至城墻根下。攻城過程中，起義軍不斷向城上喊話，要求釋放馬明心，否則絕不退兵。王廷贊見內(nèi)城防守壓力極大，便想出了緩兵之計。他命人將馬明心押上城頭，勒令其向城下教眾喊話勸降。

馬明心站在城頭，看著浴血奮戰(zhàn)的教眾，始終不肯說一句退讓的話，反而用撒拉語低聲囑咐了幾句，隨即摘下頭上的頭巾擲向城下。城下教眾見到教主，紛紛滾鞍下馬，跪地誦經(jīng)，哭聲一片。

王廷贊在一旁看得心驚，他知道馬明心的號召力太強(qiáng)，留著他只會讓起義軍斗志更盛，甚至可能引發(fā)城內(nèi)新教教眾內(nèi)應(yīng)。為絕后患，他當(dāng)即下令將馬明心在城頭上處死。

教主遇害的消息很快傳遍起義軍陣營，所有人悲憤交加，攻城的攻勢反而愈發(fā)猛烈?？呻p方兵力差距畢竟懸殊，起義軍連日苦戰(zhàn)傷亡慘重，能作戰(zhàn)的士兵僅剩兩千余人，再強(qiáng)攻內(nèi)城已是不可能。蘇四十三審時度勢，下令全軍撤往蘭州城西南的龍尾山、華林山一帶，憑借山地地形據(jù)險防守。

華林山緊鄰蘭州城，山勢高聳，站在山頂可俯瞰全城，進(jìn)可攻退可守。清軍雖人數(shù)眾多，但仰攻山地處處受制，幾次進(jìn)攻都被起義軍打退，雙方陷入僵持。

消息傳到京城，乾隆震怒不已。他先是斥責(zé)勒爾謹(jǐn)調(diào)度失宜、養(yǎng)癰遺患，隨即又派戶部尚書和珅為欽差，率京師精銳火速趕赴甘肅督師，同時下令陜西、四川、新疆各路兵馬待命出征，戶部先撥一百八十萬兩白銀充作軍餉。

四月上旬，和珅抵達(dá)蘭州前線。他急于立功，不等后續(xù)部隊到齊，便下令固原總兵圖欽保率軍強(qiáng)攻華林山。起義軍憑借有利地形，用滾木礌石、火槍弓箭居高臨下反擊，清軍死傷慘重，總兵圖欽保也當(dāng)場戰(zhàn)死，一戰(zhàn)下來折損九百余人。

敗報傳回京城，乾隆大為光火，當(dāng)即下旨將和珅召回京城申斥，陜甘總督勒爾謹(jǐn)革職拿問，改派大學(xué)士阿桂為欽差大臣，統(tǒng)一指揮甘肅軍務(wù)，又赦免前云貴總督李侍堯，命其赴蘭州督辦糧餉。

四月二十一日，阿桂抵達(dá)蘭州。他吸取了和珅冒進(jìn)的教訓(xùn)，沒有急于發(fā)動進(jìn)攻，而是先整頓軍紀(jì)、調(diào)整部署。他下令清軍沿西關(guān)外從黃河岸到山梁一線修建柵卡、挖掘壕溝，一步步壓縮起義軍的活動范圍，徹底切斷其下山襲擾的通道。起義軍見清軍步步緊逼，為集中兵力防守，主動放棄了龍尾山陣地，全部退入華林山，依托山上的寨壘、崖壁死守。

華林山地勢陡峭，只有幾條狹窄的小路可以上山，易守難攻。阿桂組織了幾次試探性進(jìn)攻，都傷亡不小。他很快改變戰(zhàn)術(shù)，決定用圍困代替強(qiáng)攻。

閏五月，清軍完成了對華林山的全面封鎖。山上很快陷入了缺水缺糧的絕境，起義軍曾試圖在山上鑿井找水，可挖了數(shù)丈深仍不見水，又多次組織敢死隊下山搶水，都被守在水源旁的清軍打了回來。

六月十五日，天降大雨，山上的火藥、火繩全被雨水打濕，清軍的火炮、鳥槍都無法使用。起義軍抓住這唯一的機(jī)會，全員沖下山與清軍展開肉搏。清軍沒了火器優(yōu)勢，根本擋不住拼死作戰(zhàn)的起義軍，陣腳大亂，一路敗退。

午后雨停天晴，清軍重新架起火器射擊，密集的彈雨壓得起義軍抬不起頭?；鞈?zhàn)之中，蘇四十三手持大刀沖在最前面指揮反擊，中彈身亡。

剩余的起義軍退入華林寺，依托寺廟的殿墻、山門繼續(xù)抵抗。清軍幾次攻到寺前，都被寺內(nèi)射出的槍彈、扔出的石塊打退。七月五日，阿桂下令縱火焚寺，大火很快吞沒了華林寺的大殿。起義軍退無可退，便躲在殿后的殘墻和兩側(cè)院墻后死戰(zhàn)不退。

七月六日下午，清軍從寺后攀上高墻，居高臨下向院內(nèi)射擊，起義軍被迫向西邊石坎撤退，卻早已落入清軍的重重包圍。剩下的將士戰(zhàn)至最后一刻，無一人投降，全部戰(zhàn)死。

至此，這場持續(xù)四個多月、從循化山溝一路打到甘肅省城的事變，最終以清軍的勝利宣告結(jié)束。