在中方媒體明確報道菲方所謂的“永久建筑”是科研設施之后，菲方還在繼續(xù)炒作，并且非法抵近拍攝，甚至要求中方“分享黃巖島科研數(shù)據(jù)”。對此，中方進行了多方面回應。

外交部發(fā)言人林劍表示：“黃巖島是中國的固有領土，中國對黃巖島及其附近海域擁有無可爭辯的主權。5月下旬以來，中國科學院南海海洋研究所開展了覆蓋黃巖島環(huán)礁全域的綜合調查，本次科考作業(yè)有利于深化對黃巖島生態(tài)系統(tǒng)的認知與預測，服務南海的生態(tài)文明建設，現(xiàn)已順利完成?！?/p>

他還表示，相關科研數(shù)據(jù)可以在相關單位的網(wǎng)頁上查詢，并且強調菲方無權干涉，敦促菲方停止造謠污蔑、不實指責，停止在海上挑釁生事。

中方媒體進一步報道了中國科學院南海海洋研究所在黃巖島海域的綜合調查情況：

1、菲方持續(xù)炒作中國黃巖島潟湖內(nèi)出現(xiàn)“新建筑物”，實際上“6×6米的鉆機取樣平臺”臨時設施，是科研單位在黃巖島海域搭建的漂浮式的原位采樣與實驗平臺，主要用于開展巖芯取樣、環(huán)境要素時序觀測及原位實驗。

2、通過對黃巖島海域進行的采樣和數(shù)據(jù)收集，發(fā)現(xiàn)了黃巖島潟湖松軟泥沙底質區(qū)發(fā)育有大面積的海草床，并且由于中方持續(xù)的保護和管控，海草床發(fā)育態(tài)勢良好，優(yōu)勢種包括圓葉絲粉草、卵葉喜鹽草等，都是綠海龜?shù)闹匾澄铩?/p>

這次綜合調查發(fā)現(xiàn)，黃巖島潟湖海草床已經(jīng)發(fā)育出成熟的珊瑚礁-海草床復合生態(tài)系統(tǒng)，可以為海龜、駝背鳳螺等高價值物種提供了優(yōu)質的棲息環(huán)境。

更為重要的是：科考隊還發(fā)現(xiàn)海草床附近存在低潮出露海面的潛在沙洲，調查顯示其有進一步向完全出露沙洲發(fā)育的趨勢，后續(xù)可以為綠海龜、玳瑁等提供理想的繁殖產(chǎn)卵場，并讓黃巖島從海龜、玳瑁的“餐廳”升級為真正的家園。

這充分說明，正是中方嚴格的保護，才讓黃巖島的生態(tài)環(huán)境得到恢復。而相關證據(jù)此前就證明菲方持續(xù)在黃巖島附近海域的非法作業(yè)、故意丟棄垃圾、人為投放有毒物質對該區(qū)域生態(tài)環(huán)境造成了嚴重的破壞。

中方建立黃巖島自然保護區(qū)之后，意義重大，已經(jīng)讓黃巖島海域生態(tài)系統(tǒng)與珍稀野生動物資源得到有效的保護。

3、菲方炒作所謂的“受制于菲方的壓力，永久建筑已經(jīng)拆除”完全是子虛烏有的炒作。中方近期完成了科考任務，所以拆除了臨時設施，并非菲方聲稱的“菲方外交抗議的結果”。

值得強調的是：我們在自家黃巖島做什么，根本輪不到菲律賓管，菲律賓也根本管不了。菲方想要科研數(shù)據(jù)，我們科研機構定期發(fā)布，任何人都可以公開查詢。菲方可以看到：低潮出露海面的潛在沙洲有進一步向完全出露沙洲發(fā)育的趨勢，這是大自然之偉力。